Μετά την οριστική ήττα της Βενετίας στους Βενετοτουρκικούς πολέμους το 1715 και την απώλεια όλων των κτήσεων της στο Αιγαίο και την Πελοπόννησο, η επιθετικότητα των Οθωμανών στράφηκε προς τις βενετικές νήσους του Ιονίου Πελάγους.

Ο οθωμανικός στόλος κατέλαβε τα Κύθηρα και στη συνέχεια τη Λευκάδα. Πανικός επικράτησε στα άλλα νησιά, ιδίως στη Ζάκυνθο, όταν μάλιστα τα οθωμανικά πολεμικά έγιναν ορατά μεταξύ της νήσου και των Στροφάδων.

Ένα μέρος του αστικού πληθυσμού εγκατέλειψε τη νήσο και κατέφυγε στην Κέρκυρα. Μεταξύ αυτών ήταν και ο Πιέρος Βούλγαρης και η φιλάσθενη σύζυγός του Τζανέττα, έγκυος στο πρώτο τους παιδί. Το ζεύγος βρήκε καταφύγιο στην Κέρκυρα αλλά ο κίνδυνος δεν έπαυσε να υφίσταται. Τον Ιούλιο του 1716 ο οθωμανικός στόλος απέκλεισε την Κέρκυρα, αποβίβασε αγήματα στη νήσο και η πόλη της Κέρκυρας βρέθηκε πολιορκημένη από ξηρά και από θάλασσα.Τα πράγματα δεν φαίνονταν ευνοϊκά για τους πολιορκημένους, παρά την άφιξη ναυτικών ενισχύσεων από άλλες χριστιανικές δυνάμεις της Ευρώπης. Όμως το βράδυ της 11ης Αύγουστου μια φοβερή βροχοθύελλα και τρικυμία κατέστρεψε μεγάλο μέρος του οθωμανικού στόλου και ανάγκασε τον οθωμανό ναύαρχο να διακόψει την πολιορκία και να αποπλεύσει. Έτσι η Κέρκυρα σώθηκε και ο πληθυσμός απέδωσε τη λύτρωσή του από τον κίνδυνο σε θαυματουργό παρέμβαση του πολιούχου της νήσου Αγίου Σπυρίδωνος. Μια ωραία εικόνα στο μονύδριο της Αιξωνής Γλυφάδας απεικονίζει το περιστατικό και την πίστη των Κερκυραίων στον προστάτη άγιό τους. Το ίδιο βράδυ της λύσης της πολιορκίας η Τζανέττα Βούλγαρη γέννησε ένα αγοράκι στο φρούριο της Κέρκυρας όπου είχαν καταφύγει πολλοί από τους κατοίκους και τους πρόσφυγες. Το αγοράκι ονομάστηκε Ελευθέριος, κατά την παράδοση ως εκδήλωση ευγνωμοσύνης για την απελευθέρωση της Κέρκυρας από τη θανάσιμη απειλή.

Οι μετακινήσεις των πρώτων χρόνων του Ελευθερίου είναι με ασάφεια γνωστές. Βασίζονται μάλλον σε προφορικές παραδόσεις και υποθέσεις. Επεδίωξε να σπουδάσει στα σχολεία της Άρτας πιθανόν και οπωσδήποτε των Ιωαννίνων, όπου μαρτυρείται στα 1737-1738. Τότε χειροτονείται ιεροδιάκονος και λαμβάνει ως ιερατικό όνομα το Ευγένιος. Η χειροτονία και η επιλογή της αγαμίας εξοργίζουν τον θείο Αλοΰσιο στη Ζάκυνθο, ο οποίος τροποποίησε τη διαθήκη του για να διασφαλίσει την παραμονή της κτηματικής περιουσίας της οικογενείας στους απογόνους άλλου ανεψιού του. Παρά τον θυμό του ο θείος Αλοΰσιος προσπάθησε να πείσει τον Ευγένιο πλέον να επιστρέψει στη Ζάκυνθο και να αναλάβει τα καθήκοντα του εφημερίου στην εκκλησία της Φανερωμένης. Φαίνεται ότι η απόπειρα έγινε αιτία της τελευταίας επιστροφής του Ευγενίου στη Ζάκυνθο προ του 1740, χωρίς όμως να ευοδωθεί αυτή η προοπτική. Η οριστική αναχώρηση από τη Ζάκυνθο γίνεται και η αφετηρία των περιπλανήσεων του Ευγενίου στον κόσμο και της ακατασίγαστης οδύσσειάς του στο βασίλειο των ιδεών.

Αναρωτιέται ο μελετητής τι ίχνη άφησε η πολύπλαγκτη διαδρομή αυτού του σημαντικού ανθρώπου; Είναι πράγματι λιγοστοί οι υλικοί σηματοδότες της ιστορικής του παρουσίας: το Φρούριο της Κέρκυρας όπου γεννήθηκε, ο λαμπρά ανακαινισμένος σήμερα οικογενειακός ναός της Φανερωμένης στη Ζάκυνθο, το ταπεινό στασίδι του σχολάρχη στο παρεκκλήσι του Προφήτη Ηλία στα ερείπια της Αθωνιάδας στο Άγιον Όρος, ο άμβωνας του πατριαρχικού ναού του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι, όπου κήρυξε στις 30 Νοεμβρίου 1759 κατά την εορτή του Απόστολου Ανδρέα, και του Αγίου Γεωργίου των Ελλήνων στη Βενετία, όπου είχε κηρύξει τις Κυριακές της Σαρακοστής του 1740. Το οίκημα όπου διέμενε στη Λειψία, όπου βρισκόταν και η «καπέλλα», το παρεκκλήσι των ορθοδόξων της πόλης, με κίνδυνο να γίνει φιλακόλουθος, όπως έγραφε, δεν υπάρχει. Τι σώζεται στην Πολτάβα, τώρα στην Ουκρανία, από το πέρασμά του ως του πρώτου ιεράρχη της πόλης δεν μου είναι γνωστό. Σώζονται όμως τα βιβλία που μελετούσε όταν ζούσε εκεί, σήμερα διαμοιρασμένα στη βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου του Καζάν και στη βιβλιοθήκη του Γυμνασίου του τότε Αικατερίνοσλαβ. Και βέβαια ο τάφος του στη Μονή του Αγίου Αλέξανδρου Νέβσκυ στην Πετρούπολη, όχι στο μεγάλο κοιμητήριο αλλά στον εσωτερικό χώρο όπου αναπαύονται διακεκριμένες προσωπικότητες.

Τα υλικά ίχνη από το πέρασμα του Ευγενίου Βούλγαρη είναι περιορισμένα, όμως η σκιά του στην πνευματική ζωή του νέου Ελληνισμού είναι πραγματικά επιβλητική. Υπήρξε ο «μέγας ανήρ», «Ευγένιος ο πάνυ», ο πρύτανης των λογίων του γένους κατά τον Αδαμάντιο Κοραή. Ο Ευγένιος άνοιξε αποφασιστικά την παιδεία του γένους στον Διαφωτισμό, δίδαξε πρώτος Descartes και Locke, ανώτερα μαθηματικά και θεωρία του Σύμπαντος. Μετέφρασε αλλά και υπέβαλε σε κριτική τον Βολταίρο, πρώτος έπλασε τον ελληνικό όρο ανεξιθρησκεία.